南都公益基金会标识设计以银杏树为原型。银杏树植根本土，生命力旺盛，有中国国树之称。图形突出了银杏叶的特征，形似一棵扎根大地的小树，象征着中国民间公益组织从小到大，顽强生长的品格，同时又蕴含着南都公益基金会倾力培育民间公益之树的美好寓意。图形设计简洁，造型优美，色彩采用暖色，亮丽温暖；张开的树冠像阳光怀抱需要关怀的人，让人心怀希望，体现了公益精神。